В программу Общего собрания членов Союза МКСО включены вопросы:
- об отчете о работе Союза МКСО за 2016 год;
- об отчете о работе Ревизионной комиссии Союза МКСО в 2016 году и о заключении Ревизионной комиссии Союза МКСО на отчет о финансово-хозяйственной деятельности Союза МКСО за 2016 год;
- о системе внешнего муниципального финансового контроля: итоги, перспективы развития и приоритетные задачи, в свете решений Совета КСО при Счетной палате Российской Федерации и поручений председателя Счетной палаты Российской Федерации;
- организационные вопросы.

Кроме того, в рамках Общего собрания членов Союза МКСО проведены круглые столы по темам:
- «Аудит в сфере закупок»;
- «Правовые проблемы внешнего муниципального финансового контроля»;
- «Актуальные вопросы внешнего муниципального финансового контроля: классификация нарушений, недостатков, рисков и угроз»;
- «Опыт работы объединений (советов, ассоциаций) контрольно-счётных органов в субъектах Российской Федерации».

В рамках повесток заседаний Президиума Союза МКСО рассмотрены следующие вопросы:
- о результатах анализа и обобщения практики осуществления МКСО по ряду актуальных вопросов внешнего муниципального финансового контроля;
- о методических рекомендациях по осуществлению проверки закупок товаров, работ, услуг отдельными видами юридических лиц;
- о Программе совершенствования методологического обеспечения муниципальных контрольно-счетных органов;
- о Концепции совершенствования внешнего муниципального финансового контроля;
- об оказании помощи муниципальным контрольно-счетным органам в оснащении информационными ресурсами по анализу бюджета, закупок;
- об определении приоритетных направлений деятельности муниципальных контрольно-счетных органов с целью реализации задач, поставленных Председателем Счетной палаты Российской Федерации Т.А. Голиковой на заседаниях Президиума, Комиссий и Совета контрольно-счетных органов при Счетной палате Российской Федерации;
- о внесении изменений в План работы Союза МКСО на 2017 год с учетом задач, обозначенных Председателем Счетной палаты Российской Федерации Т.А. Голиковой на заседании Комиссий Совета КСО при Счетной палате Российской Федерации;
- о внесении изменений в Положения о Представительствах Союза МКСО в соответствие с Положениями об Отделениях Совета КСО при Счетной палате Российской Федерации с учетом особенностей деятельности Союза МКСО;
- о внесении изменений в наименования и Положения о Комиссиях Союза МКСО в соответствие с наименованиями и Положениями о Комиссиях Совета КСО при Счетной палате Российской Федерации с учетом особенностей деятельности Союза МКСО;
- организационные вопросы;
- иные вопросы деятельности Союза МКСО.

По всем вопросам приняты соответствующие решения.